TransNusa menerapkan beberapa biaya sebagai berikut:
Domestik
| No | Biaya | Aturan | Jumlah ( Rp ) | 
|---|---|---|---|
| 1 | Biaya pembatalan | Di atas 72 jam | 25% dari Tarif Dasar | 
| Di bawah 72 jam hingga 48 jam | 50% dari Tarif Dasar | ||
| Di bawah 48 jam hingga 24 jam | 60% dari Tarif Dasar | ||
| Di bawah 24 jam hingga 12 jam | 70% dari Tarif Dasar | ||
| Di bawah 12 jam hingga 4 jam | 80% dari Tarif Dasar | ||
| Di bawah 4 jam | 90% dari Tarif Dasar | ||
| 2 | Biaya Perubahan | Di bawah 48 jam hingga 24 jam | 200,000.00 | 
| 3 | Biaya Bayi | Seluruh subclass | 10% dari Harga Dewasa | 
Internasional
| No | Biaya | Aturan | Jumlah | Keterangan | 
|---|---|---|---|---|
| 1 | Biaya pembatalan | ≥ 10 hari | 50% dari tarif dasar | Seat | 
| 5 – 9 hari | 70% dari tarif dasar | |||
| 1 – 4 hari | 90% dari tarif dasar | |||
| ≥ 10 hari | 40% dari Tarif Dasar | Seat Plus | ||
| 5 – 9 hari | 60% dari Tarif Dasar | |||
| 1 – 4 hari | 90% dari Tarif Dasar | |||
| ≥ 10 hari | 25% dari tarif dasar | Flexi Pro | ||
| 5 – 9 hari | 40% dari tarif dasar | |||
| 1 – 4 hari | 90% dari tarif dasar | |||
| 2 | Biaya Perubahan | ≥ 24 jam | Rp 300,000 + selisih harga | Seat | 
| ≥ 24 jam | Gratis 1X reschedule + selisih harga | Seat Plus | ||
| ≥ 12 jam | Bebas biaya reschedule (unlimited) + selisih harga | Flexi Pro | ||
| 3 | Biaya Bayi | Seluruh subclass | 10% dari Harga Dewasa | Seluruh subclass dan bundle | 
